目标基因区域捕获质量评价通则

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国家标准 GB/T37872一2019 目标基因区域捕获质量评价通则 Guidelinesforvalidationofnextenerationtargetregionsequencing 2019-08-30发布 2019-08-30实施 国家市场监督管理总局 发布 币国国家标准化管理委员会国家标准
GB/37872一2019 前 言 本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草 本标准由国家标准物质研究中心提出并归口 本标准起草单位:深圳华大生命科学研究院(原深圳华大基因研究院、计量科学研究院、深圳 华大智造科技有限公司深圳华大基因科技有限公司、深圳华大临床检验中心有限公司、艾吉泰康生物 科技(北京)有限公司 本标准主要起草人:耿春雨、王晶、傅书锦、郝世杰、刘心、蒋慧、牛春艳、蔡万世、李雅乔、杜佳婷、 李倩一、李岱怡、谢强、唐美芳、刘继龙、王瑞超
GB/37872一2019 目标基因区域捕获质量评价通则 范围 本标准规定了基于液相捕获技术的目标基因区域捕获质量评价的术语和定义、质量要求和评价 方法 本标准适用于应用高通量基因测序对人类基因组DNA样本进行目标基因区域捕获的质量评价 本标准不适用于单分子测序 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的 凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文 件 凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件 GB/T298592013生物信息学术语 术语和定义、缩略语 3.1术语和定义 GB/T29859一2013界定的以及下列术语和定义适用于本文件 为了便于使用,以下重复列出了 GB/T29859一2013中的某些术语和定义 3.1.1 测序sequeneing 测定氨基酸或者核苷酸序列的过程 [GB/T29859一2013,定义2.4.13] 3.1.2 外显子exom 真核生物基因的一部分,在剪接后会被保留在成熟核糖核酸分子中的序列 [GB/T298592013,定义2.2.8] 3.1.3 内含子 intron 真核生物基因的一部分,在剪接后未被保留在成熟核糖核酸分子中的序列 [GB/T298592013,定义2.2.20 3.1.4 胚系突变germlinemutation 遗传自父本、母本或者在胚胎形成时期产生的基因突变 3.1.5 体细胞突变somaticmutatiom 发生于胚胎形成时期之后,只存在于特定组织部分细胞中的细胞特异性突变
GB/T37872一2019 3.1.6 目标基因区域捕获targetregioncapture 对一个或多个基因的核苷酸序列定制目标基因区域特异性探针,与基因组DNNA进行杂交,并富集 目标基因DNA片段的过程 3.2缩略语 下列缩略语适用于本文件 DNA;脱氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid 质量要求 4.1总则 目标基因区域捕获质量要求由测序统计后的平均测序深度、测序覆盖度、捕获特异性确定 4.2平均测序深度 胚系突变检测的目标基因区域平均测序深度应大于或等于60倍,体细胞突变检测(等位基因频率 >5%)的目标基因区域平均测序深度应大于或等于200倍,体细胞突变检测(1%<等位基因频率< 5%)的目标基因区域平均测序深度应大于或等于500倍 4.3测序覆盖度 胚系突变检测的测序覆盖度在60倍平均测序深度条件下应满足表1的要求,体细胞突变检测等 位基因频率>5%)的测序覆盖度在200倍平均测序深度条件下应满足表2的要求,体细胞突变检测 1%<等位基因频率<5%)的测序覆盖度在500倍平均测序深度条件下应满足表3的要求 表1胚系突变检测的测序覆盖度要求 目标基因区域覆盖深度 测序覆盖度 >1倍 >99% >4倍 >97% >l0倍 >92% >80% >20倍 >30倍 >65%
GB/37872一2019 表2体细胞突变检测的测序覆盖度要求(等位基因频率5% 目标基因区域覆盖深度 测序覆盖度 99.1% 倍 >1 >4倍 >98% >10信 >97.5% 20倍 >97% >100倍 >75% 表3体细胞突变检测的测序覆盖度要求(1%<等位基因频率<5% 目标基因区域覆盖深度 测序覆盖度 >1倍 99.3% >4倍 >99% >98% >l0僧 >97% >20倍 >90% >100倍 4.4捕获特异性 大于10Mb的目标基因区域探针捕获特异性应不低于45%,小于或等于10Mb的目标基因区域 探针捕获特异性应不低于12% 注1:目标基因区域不包含侧翼序列区域 注2:按照比对的碱基数据量进行统计 注3针对目标基因区域较为特殊的(如目标基因区域较小或包含基因组重复序列)可视重复区域长度对该指标进 行调整 5 评价方法 5.1试验材料 采用人源基因组DNA 5.2文库制备 根据高通量基因测序平台的文库长度、产量、浓度等要求,按照对应的目标基因区域捕获建库流程 进行操作
GB/T37872一2019 5.3数据产出与分析 5.3.1高通量测序 制备完成的文库在高通量基因测序平台进行上机前处理和测序,得到高通量测序原始数据 5.3.2数据过滤 根据不同的数据过滤参数,对原始数据进行过滤,去除未达到过滤参数要求的序列或者N碱基含 量较多的序列 5.3.3序列比对 使用局部比对算法按照匹配打分规则,将过滤后得到的序列与参考基因组进行比对,从而确定最佳 比对位置 注:本标准人参考基因组使用hg19. 5.4结果计算 5.4.1平均测序深度 基于序列比对后的数据进行重复序列去除,统计比对到目标基因区域的碱基数据量与目标基因区 域总长度的比值,按照式(1)进行计算 ' 式中 目标基因区域平均测序深度; D 比对到目标基因区域的碱基数据量; 目标基因区域总长度 5.4.2测序覆盖度 基于序列比对后的数据进行重复序列去除 对胚系突变,分别统计目标基因区域内覆盖深度不低于1倍、4信、,10倍、20倍和30倍的位点数量 与目标基因区域总长度的百分比,按照式(2)进行计算 对体细胞突变,分别统计目标基因区域内覆盖深度不低于1倍、4倍、10倍、20倍和100倍的位点 数量与目标基因区域总长度的百分比,按照式2)进行计算 dl(X c(X= ×100% (2 式中 c(X -目标基因区域覆盖度(>X倍); d(X -目标基因区域内覆盖深度不低于X倍的位点数量 X -1倍、4倍、10倍,20倍,30倍、100倍的目标基因区域覆盖深度; 目标基因区域总长度 5.4.3捕获特异性 基于序列比对后的数据进行重复序列去除,比对到目标基因区域的碱基数据量与比对到全基因组
GB/37872一2019 区域的碱基数据量的比值,按照式(3)进行计算 3 S=×100% 式中 目标基因区域捕获特异性; -比对到目标基因区域的碱基数据量; R -比对到全基因组区域的碱基数据量 注:目标基因区域不包括侧翼序列区域

目标基因区域捕获质量评价通则GB/T37872-2019解析

目标基因区域捕获技术已经成为了分子诊断、疾病筛查、遗传学研究等领域中广泛采用的一种重要方法。而目标基因区域捕获质量评价通则GB/T37872-2019作为一个行业标准，对于规范这一技术的应用有着非常重要的意义。

首先，GB/T37872-2019明确了目标基因区域捕获的定义和适用范围，对于使用该技术的单位和个人来说，可以更加清楚地了解什么情况下可以采用该技术以及如何正确地应用它。

其次，该通则还针对目标基因区域捕获的前期准备、实验操作、数据处理、质量控制等方面做出了详细的规定和要求。这些规定和要求不仅可以帮助使用者更加标准地操作，也能够保证实验结果的可靠性和准确性。

此外，通则还列举了目标基因区域捕获质量评价的各项指标及其计算方法，对于检验实验结果的合理性和可靠性具有非常重要的作用。

总之，GB/T37872-2019的发布和实施为目标基因区域捕获技术的规范应用提供了重要支撑，有助于保证该技术在相关领域中发挥更大的作用。

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